Садашњи Митрополит црногорско-приморски г. Јоаникије се замонашио у манастиру Ћелија Пиперска 30. октобра 1990. године. Духовно је узрастао уз блаженопочившег Митрополита Амфилохија и у данима великих искушења за нашу Цркву и народ због доношења дискриминатарног закона о слободи вјероисповјести, и борби за одбрану светиња и свему што ће даље слиједити, показао се као његов достојни наследник: “То је био моменат када смо морали јавно да искажемо своје неслагање и да се боримо на једини начин који нам је преостао, да изађемо на улице и испред храмова, и то је било наше право, и завјет наших предака.”
Владика Јоаникије је са вјерним народом, свештенством и монаштвом на мосту Блажа Јовановића у Подгорици, у ноћи између 26. и 27. децембра 2019. године, дочекао усвајање дискриминаторног и неуставног Закона о слободи вјероисповијести или увјерења и правном положају вјерских заједница када су у Скупштини Црне Горе “умрли правда и право”. Обраћајући се сабранима, који нису марили ни за хладноћу ни за невиђено полицијско присуство, након што је са владиком Методијем одслужио молебан, владика Јоаникије је казао да је у Скупштину дошао наказни текст Предлога закона о слободи вјероисповјести који није у складу ни са Уставом, ни са међународним стандардима који регулишу вјерска права, те да овај скуп представља израз неслагања са тим законом којим с припрема удар на православље у Црној Гори. Он је истакао да скуп није ни политички ни страначки, већ народни гдје су свештеници и народ заједно и поручио: “Наше је да устанемо против неправде, али не оружјем, нити било каквом силом, него само силом истине и правде, са позивом на братску љубав, разумјевање и слогу. Ми јесмо за закон, али не за овакав који је заправо закон о отимању црквене имовине.”
Ујутро тог хладног и мрачног 27. децембра, одмах након што је Скупштина изгласала дискриминаторни закон који је превиђао отимање имовине Српске православне цркве у Црној Гори, владика Јоникије пророчки поручује да ће се борба против зла и неправде наставити:
“Ми смо вечерас овдје били као на покајању, као на сахрани! Сахрањена је правда и сахрањен је правни поредак Црне Горе са овако усвојеним законом, са тако лоше сроченим законом, са злом намјером и са оваквим проблемима које је донио Црној Гори”
Можемо рећи, нека су усвојили, тај закон је већ пропао, већ је мртво слово на папиру. Нека су они живи и здрави, али нигдје у свијету нема да се закон о слободи вјере усваја на овакав начин. Ми ћемо се организовати. У свим крајевима, у свим градовима, и у свим селима, формираћемо одборе и братства за одбрану светиња. Не можемо допустити да светиње које су наши преци Богу посећивали да се оне скрнаве и да пану у руке безбожника. То неће бити!
Ми ћемо нашу борбу свакако против зла и неправде, а нарочито против скрнављења светиња, наставити, и ако се будемо борили као хришћани свакако и добити, а већ смо много добили. Ова наша борба нас је много оснажила, а они који су на овакав начин усвојили један закон, и то закон о слободи вјере, ја мислим да су већ сами себи рупу велику ископали. Како чинили тако им Бог дао. Амин!”
Његова жртва за Христа, за истину и правду Божију, освједочена је и његовим гоњењем од стране бивше власти, али и утамничењем у ноћи 12. маја 2020. љета Господњег, послије литије одржане улицама града под Требјесом на празник Светог Василија Острошког. “Блажени су прогнани правде ради, јер је њихово Царство небеско”
Обрачун тадашње власти са Српском православном црквом и њеним вјерним народом у Црној Гори, који је устао у одбрану светиња након усвајања неуставног и дискриминаторног закона о слободи вјероисповијести, кулминирао је управо хапшењем владике Јоаникија и свештеника никшићког Саборног храма Светог Василија Острошког под лажним изговором борбе са коронавирусом након поподневне Световасилијевске литије која је, иако непланирана, ипак одржана на захтјев вјерних. Предводили су је Митрополит Амфилохије и Епископ Јоаникије истичући да народни епископи и свештеници морају да буду са народом јер је то заповијест Божија, а и заповијест светих Божијих људи.
Пред само хапшење Преосвећени владика Јоаникије полицијским службеницима је рекао да је све у реду ако их приводе у име читавог народа који је био на литији: “Никакав проблем ја немам с тим. Мене је понекад срамота што сам на слободи, што нисам у затвору, с обзиром на све оно што се догађа”.
Велики број Никшићана сабрао се то вече, али и наредних дана, и исказао неслагање са притварањем свога архипастира Јоаникија и свештеника, а талас протеста се проширио на цијелу Црну Гору. Иако је голоруки народ, међу којима је највише било младих, тиме свједочио љубав према својој Цркви, тадашњи режим је употребио силу. Долази до немилих сцена а мир и стабилиност сачувана је управо захваљујући присебности, порукама и апелима ухапшеног владике, као и блаженопочившег Митрополита Амфилохија.
Његова светост Патријарх српски г. Порфирије, тадашњи Митрополит загребачко-љубљански, тада упућује апел актуелним властима у Црној Гори добронамјерно и пријатељски указујући да “постоје и други излази из слепе улице у коју су довели сами себе усвајањем неправедног закона”: “Мада, толиком храсту и духовном горостасу, какав је наш честити Владика, тешко да ишта може наудити, нити га савити, а камоли поломити. Угледајте се, часни главари, на брижног и љубављу испуњеног вашег и нашег духовног пастира, владику Јоаникија.”
Епархија будимљанско-никшићка саопштава: “Такав човјек, којег је, недавно, пјесник назвао украсом Цркве, што он и јесте, дочекао је да га, у родном Никшићу, на правди Бога, заједно са још седморицом честитих свештеника, касно, у пола ноћи, хапсе чувари закона, који су низом немарних радњи вишеструко закон, који, наводно, штите, прекршили и доказали да им тај исти закон (на који се позивају и у који се куну) не значи апсолутно ништа, али да им значи да нам духовног оца (човјека који је, опет по ријечи пјесника, са фреске сишао) покушају унизити насилним хапшењем и тамничењем у својим нехуманим зинданима.”
Митрополит Амфилохије 15. маја 2020. испред суда у Никшићу, гдје се окупило мноштво вјерног народа у знак подршке утамниченом владици Јоаникију и никшићким свештеницима, позива властодршце да одмах ослободе владику и свештенике и упозорава их да својим поступцима изазивају грађански рат.
“Молим Владику да ми опрости што је мојом кривицом постао Епископ Епархије будимљанско-никшићке и мојом кривицом се укључио да брани светиње. Ја сам ту главни кривац, ако неко треба да буде суђен и буде му пресуђено, онда нема другога у Црној Гори сем Митрополита који је главни кривац за све оно што се дешава у Цркви у Црној Гори од деведесетих година”, поручио је тада Митрополит Амфилохије.
Протојереј Миодраг Тодоровић, с обзиром да је као парохијски свештеник био у прилици да посјети владику и свештенике, пренио је утиске какви су услови у којима се они налазе. “Бетон одогзо, бетон одоздо, бетон са стране, и један кратки креветић. То је у подруму. Да ли је то шкодљиво за здравље нека оцијене они који се о здрављу брину.”
Владика Јоаникије и свештеници су пуштени на слободу око поноћи, 16. маја. Владика је благословио вјерни народ који је испред тужилаштва протествовао због њиховог хапшења и поручио да се треба спремити за дугу борбу. Највише га боли пребијање дјеце од стране полиције, то најоштрије осуђује и поручује: “Хоћемо слободу вјере, хоћемо поредак у држави, хоћемо да се поштује Устав и закон. Ми ћемо се борити за слободу вјере и за част свакога човјека и за људско достојанство, за част и образ свакога грађанина, поједница, без обзира ко је и како се изјашњава и којој партији припада. Треба нам слобода свима и треба нам поредак у нашој држави. Нека се ова борба настави, али правим Божијим средствима, истином и правдом и љубављу према нашој отаџбини и нека се зацари мир и благослов Божији и братска слога међу нама. Амин, Боже дај! ”
У Основном суду у Никшићу на рочишту главног претреса, који се води против Епископа Јоаникија и осморице свештеника, окривљених за кршење здравствених мјера о спречавању ширења заразних болести, на постављено питање о имовинском стању владика Јоаникије одговора: „Није пристојно да се монах пита за имовинско стање. Монах нема никакве личне имовине, али има све што му треба“.
На парламентарним изборима у Црној Гори 30. августа 2020. године народ је развластио власт која је донијела дискриминациони закон о слободи вјероисповијести, прогонила СПЦ, хапсила свештенство и вјерни народ, припремала отимање светиња и владала на подјелама, братомржњи и богомржњи.
Народу Берана испред манастира Ђурђеви Ступови 31. августа 2020. који је славио своју величанствену побједу у одбрани светиња поручио је да цио српски народ гледа у Црну Гору и радује се: “С поносом можемо рећи гдје смо рођени, гдје живимо и одакле је наше поријекло, јер је Црна Гора опрала љагу и прљавштину са свог образа кроз вашу борбу за слободу. Светиња је непобједива. Нама је свима било јасно, кад је наш народ изашао по цичи зими на улицу у десетинама и стотинама хиљада да брани светиње, да ћемо их одбранити.”
Као администратор Митрополије црногорско-приморске, Преосвећени Епископ будимљанско-никшићки г. Јоаникије је поручио да је најдрагоцјеније пред Богом – кад човјек своје срце учини храмом и обиталиштем Божјим.
“И када је Црква гоњена, што је било много пута у историји, и када трпи тешкоће – Господ је Онај који је штити, који је сабира и који је прославља. И открива се, када је Црква у највећем страдању, тада је у највећој слави.”