Sadašnji Mitropolit crnogorsko-primorski g. Joanikije se zamonašio u manastiru Ćelija Piperska 30. oktobra 1990. godine. Duhovno je uzrastao uz blaženopočivšeg Mitropolita Amfilohija i u danima velikih iskušenja za našu Crkvu i narod zbog donošenja diskriminatarnog zakona o slobodi vjeroispovjesti, i borbi za odbranu svetinja i svemu što će dalje slijediti, pokazao se kao njegov dostojni naslednik: “To je bio momenat kada smo morali javno da iskažemo svoje neslaganje i da se borimo na jedini način koji nam je preostao, da izađemo na ulice i ispred hramova, i to je bilo naše pravo, i zavjet naših predaka.”
Vladika Joanikije je sa vjernim narodom, sveštenstvom i monaštvom na mostu Blaža Jovanovića u Podgorici, u noći između 26. i 27. decembra 2019. godine, dočekao usvajanje diskriminatornog i neustavnog Zakona o slobodi vjeroispovijesti ili uvjerenja i pravnom položaju vjerskih zajednica kada su u Skupštini Crne Gore “umrli pravda i pravo”. Obraćajući se sabranima, koji nisu marili ni za hladnoću ni za neviđeno policijsko prisustvo, nakon što je sa vladikom Metodijem odslužio moleban, vladika Joanikije je kazao da je u Skupštinu došao nakazni tekst Predloga zakona o slobodi vjeroispovjesti koji nije u skladu ni sa Ustavom, ni sa međunarodnim standardima koji regulišu vjerska prava, te da ovaj skup predstavlja izraz neslaganja sa tim zakonom kojim s priprema udar na pravoslavlje u Crnoj Gori. On je istakao da skup nije ni politički ni stranački, već narodni gdje su sveštenici i narod zajedno i poručio: “Naše je da ustanemo protiv nepravde, ali ne oružjem, niti bilo kakvom silom, nego samo silom istine i pravde, sa pozivom na bratsku ljubav, razumjevanje i slogu. Mi jesmo za zakon, ali ne za ovakav koji je zapravo zakon o otimanju crkvene imovine.”
Ujutro tog hladnog i mračnog 27. decembra, odmah nakon što je Skupština izglasala diskriminatorni zakon koji je previđao otimanje imovine Srpske pravoslavne crkve u Crnoj Gori, vladika Jonikije proročki poručuje da će se borba protiv zla i nepravde nastaviti:
“Mi smo večeras ovdje bili kao na pokajanju, kao na sahrani! Sahranjena je pravda i sahranjen je pravni poredak Crne Gore sa ovako usvojenim zakonom, sa tako loše sročenim zakonom, sa zlom namjerom i sa ovakvim problemima koje je donio Crnoj Gori”
Možemo reći, neka su usvojili, taj zakon je već propao, već je mrtvo slovo na papiru. Neka su oni živi i zdravi, ali nigdje u svijetu nema da se zakon o slobodi vjere usvaja na ovakav način. Mi ćemo se organizovati. U svim krajevima, u svim gradovima, i u svim selima, formiraćemo odbore i bratstva za odbranu svetinja. Ne možemo dopustiti da svetinje koje su naši preci Bogu posećivali da se one skrnave i da panu u ruke bezbožnika. To neće biti!
Mi ćemo našu borbu svakako protiv zla i nepravde, a naročito protiv skrnavljenja svetinja, nastaviti, i ako se budemo borili kao hrišćani svakako i dobiti, a već smo mnogo dobili. Ova naša borba nas je mnogo osnažila, a oni koji su na ovakav način usvojili jedan zakon, i to zakon o slobodi vjere, ja mislim da su već sami sebi rupu veliku iskopali. Kako činili tako im Bog dao. Amin!”
Njegova žrtva za Hrista, za istinu i pravdu Božiju, osvjedočena je i njegovim gonjenjem od strane bivše vlasti, ali i utamničenjem u noći 12. maja 2020. ljeta Gospodnjeg, poslije litije održane ulicama grada pod Trebjesom na praznik Svetog Vasilija Ostroškog. “Blaženi su prognani pravde radi, jer je njihovo Carstvo nebesko”
Obračun tadašnje vlasti sa Srpskom pravoslavnom crkvom i njenim vjernim narodom u Crnoj Gori, koji je ustao u odbranu svetinja nakon usvajanja neustavnog i diskriminatornog zakona o slobodi vjeroispovijesti, kulminirao je upravo hapšenjem vladike Joanikija i sveštenika nikšićkog Sabornog hrama Svetog Vasilija Ostroškog pod lažnim izgovorom borbe sa koronavirusom nakon popodnevne Svetovasilijevske litije koja je, iako neplanirana, ipak održana na zahtjev vjernih. Predvodili su je Mitropolit Amfilohije i Episkop Joanikije ističući da narodni episkopi i sveštenici moraju da budu sa narodom jer je to zapovijest Božija, a i zapovijest svetih Božijih ljudi.
Pred samo hapšenje Preosvećeni vladika Joanikije policijskim službenicima je rekao da je sve u redu ako ih privode u ime čitavog naroda koji je bio na litiji: “Nikakav problem ja nemam s tim. Mene je ponekad sramota što sam na slobodi, što nisam u zatvoru, s obzirom na sve ono što se događa”.
Veliki broj Nikšićana sabrao se to veče, ali i narednih dana, i iskazao neslaganje sa pritvaranjem svoga arhipastira Joanikija i sveštenika, a talas protesta se proširio na cijelu Crnu Goru. Iako je goloruki narod, među kojima je najviše bilo mladih, time svjedočio ljubav prema svojoj Crkvi, tadašnji režim je upotrebio silu. Dolazi do nemilih scena a mir i stabilinost sačuvana je upravo zahvaljujući prisebnosti, porukama i apelima uhapšenog vladike, kao i blaženopočivšeg Mitropolita Amfilohija.
Njegova svetost Patrijarh srpski g. Porfirije, tadašnji Mitropolit zagrebačko-ljubljanski, tada upućuje apel aktuelnim vlastima u Crnoj Gori dobronamjerno i prijateljski ukazujući da “postoje i drugi izlazi iz slepe ulice u koju su doveli sami sebe usvajanjem nepravednog zakona”: “Mada, tolikom hrastu i duhovnom gorostasu, kakav je naš čestiti Vladika, teško da išta može nauditi, niti ga saviti, a kamoli polomiti. Ugledajte se, časni glavari, na brižnog i ljubavlju ispunjenog vašeg i našeg duhovnog pastira, vladiku Joanikija.”
Eparhija budimljansko-nikšićka saopštava: “Takav čovjek, kojeg je, nedavno, pjesnik nazvao ukrasom Crkve, što on i jeste, dočekao je da ga, u rodnom Nikšiću, na pravdi Boga, zajedno sa još sedmoricom čestitih sveštenika, kasno, u pola noći, hapse čuvari zakona, koji su nizom nemarnih radnji višestruko zakon, koji, navodno, štite, prekršili i dokazali da im taj isti zakon (na koji se pozivaju i u koji se kunu) ne znači apsolutno ništa, ali da im znači da nam duhovnog oca (čovjeka koji je, opet po riječi pjesnika, sa freske sišao) pokušaju uniziti nasilnim hapšenjem i tamničenjem u svojim nehumanim zindanima.”
Mitropolit Amfilohije 15. maja 2020. ispred suda u Nikšiću, gdje se okupilo mnoštvo vjernog naroda u znak podrške utamničenom vladici Joanikiju i nikšićkim sveštenicima, poziva vlastodršce da odmah oslobode vladiku i sveštenike i upozorava ih da svojim postupcima izazivaju građanski rat.
“Molim Vladiku da mi oprosti što je mojom krivicom postao Episkop Eparhije budimljansko-nikšićke i mojom krivicom se uključio da brani svetinje. Ja sam tu glavni krivac, ako neko treba da bude suđen i bude mu presuđeno, onda nema drugoga u Crnoj Gori sem Mitropolita koji je glavni krivac za sve ono što se dešava u Crkvi u Crnoj Gori od devedesetih godina”, poručio je tada Mitropolit Amfilohije.
Protojerej Miodrag Todorović, s obzirom da je kao parohijski sveštenik bio u prilici da posjeti vladiku i sveštenike, prenio je utiske kakvi su uslovi u kojima se oni nalaze. “Beton odogzo, beton odozdo, beton sa strane, i jedan kratki krevetić. To je u podrumu. Da li je to škodljivo za zdravlje neka ocijene oni koji se o zdravlju brinu.”
Vladika Joanikije i sveštenici su pušteni na slobodu oko ponoći, 16. maja. Vladika je blagoslovio vjerni narod koji je ispred tužilaštva protestvovao zbog njihovog hapšenja i poručio da se treba spremiti za dugu borbu. Najviše ga boli prebijanje djece od strane policije, to najoštrije osuđuje i poručuje: “Hoćemo slobodu vjere, hoćemo poredak u državi, hoćemo da se poštuje Ustav i zakon. Mi ćemo se boriti za slobodu vjere i za čast svakoga čovjeka i za ljudsko dostojanstvo, za čast i obraz svakoga građanina, pojednica, bez obzira ko je i kako se izjašnjava i kojoj partiji pripada. Treba nam sloboda svima i treba nam poredak u našoj državi. Neka se ova borba nastavi, ali pravim Božijim sredstvima, istinom i pravdom i ljubavlju prema našoj otadžbini i neka se zacari mir i blagoslov Božiji i bratska sloga među nama. Amin, Bože daj! ”
U Osnovnom sudu u Nikšiću na ročištu glavnog pretresa, koji se vodi protiv Episkopa Joanikija i osmorice sveštenika, okrivljenih za kršenje zdravstvenih mjera o sprečavanju širenja zaraznih bolesti, na postavljeno pitanje o imovinskom stanju vladika Joanikije odgovora: „Nije pristojno da se monah pita za imovinsko stanje. Monah nema nikakve lične imovine, ali ima sve što mu treba“.
Na parlamentarnim izborima u Crnoj Gori 30. avgusta 2020. godine narod je razvlastio vlast koja je donijela diskriminacioni zakon o slobodi vjeroispovijesti, progonila SPC, hapsila sveštenstvo i vjerni narod, pripremala otimanje svetinja i vladala na podjelama, bratomržnji i bogomržnji.
Narodu Berana ispred manastira Đurđevi Stupovi 31. avgusta 2020. koji je slavio svoju veličanstvenu pobjedu u odbrani svetinja poručio je da cio srpski narod gleda u Crnu Goru i raduje se: “S ponosom možemo reći gdje smo rođeni, gdje živimo i odakle je naše porijeklo, jer je Crna Gora oprala ljagu i prljavštinu sa svog obraza kroz vašu borbu za slobodu. Svetinja je nepobjediva. Nama je svima bilo jasno, kad je naš narod izašao po ciči zimi na ulicu u desetinama i stotinama hiljada da brani svetinje, da ćemo ih odbraniti.”
Kao administrator Mitropolije crnogorsko-primorske, Preosvećeni Episkop budimljansko-nikšićki g. Joanikije je poručio da je najdragocjenije pred Bogom – kad čovjek svoje srce učini hramom i obitalištem Božjim.
“I kada je Crkva gonjena, što je bilo mnogo puta u istoriji, i kada trpi teškoće – Gospod je Onaj koji je štiti, koji je sabira i koji je proslavlja. I otkriva se, kada je Crkva u najvećem stradanju, tada je u najvećoj slavi.”