Starac Pajsije rođen je na praznik Svete Ane, 25. jula 1924. godine u maloazijskom selu Farasa, u Kapadokiji (današnja jugoistočna Turska). Njegov otac Prodromos, bio je gradonačelnik Farase i veoma pobožan čovek. Duhovni otac Prodromosove porodice bio je čuveni Sveti Arsenije Kapadokijski. Starca Pajsije krstio je 7. avgusta 1924. godine Sveti Arsenije koji nije ispunio želju njegove familije da se dečak zove Hristo, kako se zvao njegov deda, i dao mu ime Arsenije. Sveti Arsenije je tada proročki rekao: „Ja shvatam da biste vi želeli da neko bude dedin naslednik, ali zar i ja ne bih mogao da poželim monaha koji bi bio moj naslednik.“
Samo nedelju dana kasnije na praznik Vozdviženja Časnog krsta, od Turaka nasilno proterane, grčke izbeglice iz Farase nakon mnogih iskušenja stižu u Pirejsku luku u Grčkoj.
Posle odslužene vojske 1949. godine, Arsenije odlazi na Svetu Goru, ali samo na kratko. Ponovo se na Svetu Goru vraća sledeće 1950. godine. Zamonašio se u manastiru Esfigmenu 1954. pod imenom Averkije. Iste godine po blagoslovu napušta Esfigmen i prelazi u manastir Filotej gde postaje učenik oca Simeona, vrlinskog čoveka. Ime Pajsije dobija 1956. kada je postrižen u malu shimu. Godine 1962. je iz duhovnih razloga otišao na Sinaj u keliju Svetog Galaktiona, da bi se dve godine kasnije vratio na Svetu Goru u ivironski Skit Svetih arhangela.
Godine 1966. ozbiljno se razboleo i do kraja života imao probleme sa zdravljem.
Krajem 1967. odlazi u Katunakiju gde se nastanjuje u Ipatijevoj keliji koja pripada Manastiru Velika Lavra.
Sledeće 1968. godine Starac Pajsije odlazi u Manastir Stavronikita gde postaje učenik znamenitog ruskog podvižnika oca Tihona koji je živeo u keliji Časnog krsta. Posle blaženog usnuća starca Tihona nastanjuje se u njegovoj keliji gde živi do 1979. godine kada prelazi u manastir Kutlumuš, tj. isposnicu ovog manastira po imenu Panaguda.
Godine 1988. starac Pajsije teško oboleva od raka. Poslednje dane provodi van Svete Gore u ženskom manastiru Svetog Jovana Bogoslova u Surotiju. Ovom sestrinstvu starac je već godinama bio duhovni savetnik. U utorak 12. jula 1994. godine starac je smireno predao svoju dušu Bogu, kojeg je duboko voleo i kome je služio od malena. Podvigom osvećeno telo blaženopočivšeg starca počiva u manastiru Svetog Jovana Bogoslova u Surotijy, pored Soluna.
Sveti Sinod carigradske Patrijaršije 13. januara 2015. godine, prihvatio je predlog Komisije za kanonizaciju novih svetitelja, da u Agiologion (diptih svetih) Pravoslavne crkve pribroji Prepodobnog Pajsija Svetogorca.
Za datum praznovanja Prepodobnog izabran je 15. oktobar.
