Od 6. aprila 1941. kada su Hiterove bombe razorile Beograd, počelo je stradanje srpskog naroda koje je trajlo do posledeg dana rata, 8. maja 1945.
U ratnom požaru stradale su i sve crkveno-prosvetne institucije SPC: Bogoslovski fakultet u Beogradu, Bogoslovije u Prizrenu, Sarajevu, Bitolju, Cetinju i Sremskim Karlovcima i Monaška škola u manastiru Dečani.
Na naučnom skupu posvećenom 230 godina Bogoslovije Svetog Arsenija, održanom oktobra meseca 2024. u Sremskim Karlovcima, na temu „Karlovačka bogoslovija u Aprilskom ratu 1941.“ naučni referat podneo je monah dr Pavle Kondić, upravnik Zadužbine Mitropolita Amfilohija u manastiru Stanjevići.
Ovaj naučni rad izrađen je na osnovu istorijskih dokumenata iz Arhiva Svetog Sinoda – svedočenja koja su ispisali Rektor i osoblje Bogoslovije i prvi put su predstavljena javnosti kao još jedan dokaz genocidnog steradanja srpskog naroda i Pravoslavne crkve tokom Drugog svetskog rata.
