Ovaj veliki podvižnik i svetilnik Crkve pravoslavne rodio se blizu Sofije u mestu Skrinu, u vreme cara Borisa (852-889 g.). Rodio se od pobožnih roditelja, srednjeg imovnog stanja. Iz mladosti zavolevši Gospoda, Jovan po smrti roditelja razdade siromasima i bolesnicima svoje imanje, nasleđeno od roditelja, zamonaši se, i samo sa jednom kožnom haljinom na sebi napusti svoj rodni kraj i udalji se u jednu divlju goru, i tu se u jednoj pećini počne podvizavati. Pretrpeo je tu mnoge napasti od demona i od ljudi, od razbojnika i od svojih srodnika. Potom se preseli u planinu Rilsku, i nastani u jednom šupljem drvetu. Hranio se samo travom, i bobom, koji tu u blizini počne rasti po Božjem promislu.
Mnoge godine on nije video lica čovečjeg, dok ga, opet po Božjem promislu, ne otkriju čobani, koji su tragali za svojim izgubljenim ovcama. Tako se svetitelj pročuje među ljudima, i ljudi mu počnu dolaziti gražeći pomoći u bolestima i mukama. Mnogi su dolazili k njemu sa svojim bolesnicima, i bolesnici su dobijali zdravlje svetiteljevim molitvama. Jedan čovek u kome već nekoliko godina bejaše nečisti duh, videći ljude gde idu u Jovanovu pustinju, pođe za njima. A kada dođe na kilometar od Rilske pustinje, on pade na zemlju i stade vikati: “Ne mogu da idem dalje, peče me oganj”. Sanutnici svezaše tog jadnika, odvukoše ga k prepodobnom i moljahu ga da ga isceli. Deco moja, reče im prepodobni, to nije u mojoj moći, ja sam slab čovek kao i vi: njega samo Bog može isceliti. – No oni ga neodstupno moljahu, i pustinjak se pomoli Bogu za njega, i bolesnik najednom postade zdrav, i svi proslaviše Boga.
Glas o velikom pustinjaku dođe do bugarskog cara Petra (927-969 g.). Blagočestivi car silno željaše da se vidi s njim, ali smireni pustinjak izbeže da se sastane s njim, samo mu u pismu dade potreban savet.
Mnogi revnitelji duhovnog života, privučeni vrlinskim životom svetog podvižnika, nastaniše se u blizini prepodobnog pustinjaka. Tu se ubrzo postroji hram i manastir. Dostigavši duboku starost, sveti Jovan se upokoji mirno u Gospodu osamnaestog avgusta 946 godine, u sedamdesetoj godini svoga života. Po smrti javio se učenicima svojim. Mošti njegove prenesene su najpre u Sofiju, pa su odatle prilikom najezde Ugara odnete u Mađarsku, a otuda su ponovo vraćene u Trnovo u vreme cara Jovana Asena (1218 – 1241 g.). Kada su kasnije Turci zauzeli Trnovo, posredovanjem sultanije Mare Branković, mošti svetog Jovana Rilskog prenete su najzad u manastir Rilski, gde i danas počivaju. Rilski manastir su obnovili i Srpski vladari kralj Milutin i car Dušan, i on je kroz vekove bio kula svetilja i mesto sile čudotvorne i utehe duhovne za narod hrišćanski u Bugarskoj, naročito pak u teška vremena robovanja pod Turcima. Žitije pak prepodobnog Jovana Rilskog napisao je na grčkom Georgije Skilica (u 12 veku), a na slovenskom Trnovski patrijarh Jeftimije.
